暖通空调系统主要通过对生产环境的空气温度、湿度、悬浮粒子、微生物等的控制和监测，确保环境参数符合质量要求，避免空气污染和交叉污染的发生，同时为操作人员提供舒适的环境，也是洁净室控制系统的重要组成部分。常见暖通空调系统划分原则如下：

1、按不同洁净等级或温湿度要求划分，不同等级的洁净室或温湿度对室内环境的要求不同，通常A、B级应和C、D级房间分系统设置。

2、非净化系统、中效净化系统、高效净化系统要分开设置，因两者阻力相差太大，合于一个系统，阻力难于平衡。

3、按不同的产品划分，主要为避免各产品交叉污染，或对净化空调的要求不同

4、单向流洁净室与非单向流洁净室应分开，因为换气次数差别较大，合在一起送风温差较大，采用再热会消耗较大热量，故宜分开设置。

5、按楼层、平面分区或工艺工段划分，这样可以允许有单独运行部分生产工段，有利于节能。

6、有特殊要求或产生污染的环境要设独立的空调系统，将高致敏性药，避孕药，疫苗，激素类、抗肿瘤类化学药，强毒微生物药，产生较多粉尘工段和其余工段分开等。

7、生产周期不同的须划成不同系统，例如长时间生产工段和部分时间生产工段；或生产时间错开；例如暂存储藏区系统与生产区域分开。

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